En 1901, un soldat fit une bavure et tua accidentellement une fillette Ishbale. Le peuple Ishbal ne put supporter cet acte, et les émeutes extrêmement violentes qui se déclenchèrent dans toute la cité cédèrent bientôt la place à une véritable insurrection. Cette guerre civile, plus tard connue sous le nom de "guerre d'Ishbal", venait de commencer, et n'était pas prête de s'arrêter.
Pendant 7 ans, l'Amestris ne ménagea pas ses efforts pour tenter de ramener l'ordre dans sa province, et de plus en plus de soldats y furent envoyés pour tenter d'obtenir la capitulation des Ishbals. Mais ces derniers étant un peuple extrêmement fier et endurant, rendre sans rien recevoir en retour ne leur convenait pas. Ce qui leur convenait parfaitement par contre, c'était les tactiques de guérilla, dans lesquelles ils excellaient. La résistance s'organisa rapidement, et les soldats de l'armée durent affronter les citoyens d'Ishbals et ses moines combattant, les premiers possédant une volonté de fer tandis que les seconds étaient des spécialistes du combat rapproché qui firent un véritable hécatombe sur ce terrain qu'ils connaissaient parfaitement. Pour ne pas arranger les choses, la résistance Ishbale n'hésitait pas à commettre des attentats en Amestris pour limiter les approvisionnements de l'armée. Resembool, par exemple, fut la cible d'un attentat à la bombe qui détruisit les entrepôts dans lesquels la laine destinée à l'armée était stockée. Resembool ressent encore aujourd'hui les conséquences de cet événement.
Mais le haut commandement de l'armée commença vraiment à s'inquiéter quand on découvrit que les Ishbals étaient aidés en sous-main par l'Aerugo, un pays voisin qui n'entretenait pas de bonnes relations avec l'Amestris. Après 7 ans de guerre, de voir ainsi la rébellion instrumentalisée par ses ennemis, le Président King Bradley décida de mettre en terme à ce conflit, et signa le décret présidenciel numéro 3066. La guerre allait effectivement prendre fin, dans le sang...

Le Président venait en effet d'appliquer une solution radicale : ordre était donné à l'armée d'exterminer toute la population Ishbale, y compris les civils. Afin de supporter l'effort des soldats, on envoya sur place les alchimistes d'état et l'ordre fut donné de commencer la production de pierre philosophale afin de l'utiliser à la guerre. Amestris utilisait son arme secrète pour la première fois, et elle allait se révéler redoutable.
Dans la pratique, l'armée sépara Ishbal en plusieurs quartiers, et chaque quartier fut méthodiquement nettoyé par un détachement de soldats supporté par un alchimiste d'état. Cette méthode fut appliquée de manière systématique dans tous les quartiers d'Ishbal, et ceux-ci commencèrent à être rayé de la carte les uns après les autres.

Les alchimistes étaient utilisés de différentes façons, ceux qui disposaient de pouvoirs particulièrement destructeurs, comme les commandants Mustang et Kimblee, étaient envoyés pour exterminer directement les Ishbals, tandis que certains, comme le commandant Armstrong, coupaient la route aux réfugiés Ishbals afin que les soldats les rattrapent et les exécutent.

Roug Roa, le plus haut représentant de la religion Ishbal, tenta de mettre fin à la guerre en offrant sa vie en échange de l'arrêt des combats. Mais si le colonel Basque Gran fut sensible à ses arguments, le Président fut beaucoup moins réceptif. Il avait ordonné l'extermination, et ne comptait pas revenir sur son ordre. Il ordonna que Roa fut traité comme les autres Ishbals, et la guerre continua.

La guerre prit fin avec la destruction du quartier de Dariha. Tout un peuple avait été exterminé, et les quelques rares survivants furent pourchassés jusqu'à la frontière. Un autre événement remarquable fut la mort de cinq officiers commandant de l'armée, tués par Kimblee dans une énorme explosion. L'alchimiste, qu'on considéra comme fou, fut rapidement arrêté et emprisonné. Les soldats purent enfin rentrer chez eux, et chacun essaya d'oublier cet événement. Mais la guerre provoqua des lésions psychologiques plus ou moins graves sur la quasi-totalité des soldats qui y avaient participé, et l'oublier ne fut pas une chose facile...

Ishbal était une ville située dans une région aride, à l'est de l'Amestris. Elle était habitée par une population issue d'une seule ethnie, les Ishbalites, reconnaissables à leurs yeux rouges et à leur peau mâte. Les habitants vénéraient une divinité du nom d'Ishbala, et ce culte imposait à ses fidèles des commandements très stricts, qui se mariaient bien avec l'environnement inhospitalier qui était le leur.

Cette ville faisait donc partie intégrante de l'Amestris, mais on ne pouvait pas dire que les Ishbals s'intégraient particulièrement bien dans le pays. On peut même supposer qu'Ishbal fut annexée par l'Amestris au cours de l'extension territoriale effectuée les décennies précédentes, tellement les divergences culturelles étaient importantes. Le principal point de désaccord concernait l'alchimie et la religion, car l'Amestris avait toujours compté sur l'alchimie pour son développement, et la religion n'y avait jamais trouvé sa place. Et les Ishbals, au contraire, étaient fermement convaincus de l'existence d'Ishbala et considéraient l'alchimie comme un blasphème envers le Créateur Universel. Ces divergences créèrent de vives tensions qui ne se calmèrent jamais, malgré la reconnaissance de l'existence d'Ishbala par le gouvernement. Et ces tensions finirent par éclater, de la pire des manières.