Les Bokobabas sont des ennemis apparaissant uniquement dans The Wind Waker. Ce sont des plantes carnivores, très semblables aux Mojo Babas. On les trouve principalement sur l’île aux forêts, et plus particulièrement dans les bois défendus. À l’image des Mojo Babas, elles possèdent une énorme langue et sont enracinés dans le sol, ce qui fait qu’elle ne peuvent pas se déplacer.

On les trouve d’abord sous forme de « bulbes » dont-elles surgissent une fois que leur proie s’approche un peu de trop. Elles attaquent alors en mordant, avec des coups de tête, ou encore en avalant leur proie. Un moyen sûr de tuer une Bokobaba sans prendre le risque de se faire avaler est donc en premier lieu de l’étourdir, avec le grappin ou la feuille Mojo, puis de lui donner des coups d’épée. Le meilleur moyen d’en venir à bout est tout de même de couper sa tige avec un boomerang, ce qui la tue instantanément.

Une fois tuée, la Bokobaba peut laisser tomber un bâton, une graine de Bokobaba, ou encore se transformer en bulbes permettant de s’élever dans les airs.